En effet, le Clos Prieur et la Combe aux moines à Gevrey doivent leurs noms à l'œuvre des " moines noirs " de l'abbaye de Cluny. Ainsi, pendant plus de cinq cents ans, le rôle des moines clunisiens est essentiel pour le vignoble bourguignon.

Mais en raison de son enrichissement, Cluny est largement critiquée et inspire un important mouvement de réforme du monachisme en Europe.

1084 : Bruno Hartenfaust s'établit au cœur des Alpes pour y créer l'ordre des Chartreux. Son fondement repose sur un retour à plus d'austérité, de silence et de vie contemplative. Les moines vivent en ermites. Vers 1200, une quarantaine d'établissements ont déjà adopté la règle de la Chartreuse.

Au XIIIe siècle, l'ordre des Chartreux s'implante à Beaune. Il y reste jusqu'à la Révolution Française de 1789. Outre les vins de Cahors, ils s'efforcent de mettre en valeur le vignoble de Châteauneuf-du-Pape et d'autres domaines dont certains sont situés en Bourgogne. Mais malgré cette retenue, l'ordre fondé par Saint-Bruno ne fait pas obstacle à un enrichissement notable du patrimoine vinicole français.

1098 : Avec la volonté d'un retour à une observation plus stricte de la règle de Saint-Benoît, Robert de Molesme fonde l'abbaye de Cîteaux.

A l'inverse des clunisiens, les moines cisterciens cultivent eux-mêmes leurs domaines car leur spiritualité est basée sur l'équilibre entre la prière et le travail manuel.

Si la règle de Saint Benoît autorise les moines à consommer une ration quotidienne de vin, la culture de la vigne a surtout des raisons de prestige et de rayonnement économique. A une époque où les abbayes sont autant d'étapes pour les voyages et pèlerinages, il est habile d'avoir réputation de bonne table pour attirer à soi les visiteurs de prestige. Ceux-ci ne manqueront pas de laisser de riches aumônes pour prix du gîte et du couvert... Le vin des moines de Bourgogne est également utilisé à des fins diplomatiques : des envois gracieux permettent d'entretenir les relations avec les grands de toute l'Europe : papes, rois, princes, ducs, évêques...

S'attirant les faveurs des grands seigneurs, les premières vignes leur sont données à Meursault par le duc de Bourgogne Eudes 1er. Ce premier don est situé dans la parcelle du Clos des Corvées.

1096-1290 : les communautés religieuses en Bourgogne bénéficient de nombreuses donations de seigneurs partis en croisade en contrepartie de leur protection spirituelle. Durant cette période elles étendent considérablement leurs vignobles.

1100 : Cîteaux reçoit des terres à Vougeot que les moines s'attachent à mettre en valeur.

1132 : Naissance de l'abbaye de Maizières, à proximité de Beaune, descendante du mouvement cistercien.

Au XIVe siècle :

L'installation des papes à Avignon favorise le développement de la viticulture en Côte d'Or.

D'ailleurs, selon certains auteurs comme le poète Pétrarque, les papes restent en Avignon en raison de leur goût prononcé pour le vin de Beaune, nom que l'on donne encore à cette époque aux Grands Vins de Bourgogne.

Parallèlement, le développement de circuits commerciaux profite à la culture de la vigne et par conséquent aux vins de Bourgogne. C'est aussi l'époque des grandes foires internationales où différentes marchandises transitent entre le Nord et le Midi, par voies terrestres et fluviales.

A cette époque, Beaune s'affranchit et prend son essor commercial. Bois et landes cèdent la place aux plantations de vignes. Le vignoble prend une extension considérable. Entourées de murets de pierres sèches, les propriétés viticoles adoptent le nom de " clos ".

1330 : les cisterciens entourent leur domaine de Vougeot d'un mur de pierre afin de lui donner une identité précise. Leur domaine s'étend alors sur toute la Côte.

1348 - 1360 : à la suite des épidémies de peste, la population ecclésiastique, entre autres, est décimée.

En raison de la raréfaction de la main d'œuvre, il faut alors s'orienter vers la qualité plutôt que vers la quantité. C'est pourquoi, les moines cisterciens perfectionnent les techniques de conduite de la vigne et les pratiques de vinification, amendent les sols et sélectionnent les cépages.

Le succès grandissant des cisterciens inspire d'autres religieux tels que :

- les religieux de Vergy qui créent le Clos Saint-Denis à Morey Saint Denis,
- l'église paroissiale de Santenay qui crée le Clos Saint-Jean à Chassagne-Montrachet,
- les religieuses de Notre-Dame-de-Tart qui délimitent le Clos de Tart,
- le chapitre de la cathédrale de Langres qui donne naissance au Clos du Chapitre.

1361 : La mort du duc Philippe de Rouvres ouvre une nouvelle époque, âge d'or de la Bourgogne. La dynastie des Valois de Bourgogne va créer, de Philippe le Hardi à Charles le Téméraire, un véritable État princier, le " Grand Duché d'Occident ".

1443 : Sous le règne du Duc Philippe le Bon, construction de l'Hospice de Beaune, magnifique représentant du style dit " burgondo-flamand ", et qui marque toujours de nombreux toits de la région.

1477 : A la mort de Charles le Téméraire, Louis XI s'empare du duché de Bourgogne.

A cette époque, l'annexion du duché coupe la Bourgogne des riches tables de Flandre. La quantité prend le pas sur la qualité, le gamay supplante le pinot. Les guerres de Religion et la mode du vin d'Espagne provoquent l'éclipse passagère des vins de Bourgogne.

1482 : Le duché de Bourgogne est définitivement intégré au domaine royal. Dépossédée de ses droits, la fille unique de Charles le Téméraire épouse Maximilien d'Autriche et lui apporte ses biens, dont le Comté de Bourgogne.